Lesní školka Budkov byla založena v roce 1956 současně se vznikem Lesního závodu Prachatice. Vznikala postupně, tak jak byly přebírány plochy od soukromých zemědělců nebo zemědělského družstva a pronájmy. V současné době má výměru cca10 ha. Organizačně byla školka v minulosti vedena jako lesnický úsek, v současnosti je samostatným střediskem. Školka produkuje sadební materiál pro potřebu LZ Boubín, na základě zakázkových listů pěstuje sadební materiál pro lesní správy z jejich osiva a v neposlední řadě prodává sadební materiál soukromým vlastníkům, městským lesům, obecním lesům a ostatním drobným vlastníkům, jejichž majetky leží většinou v oblasti LZ.

V roce 1981 došlo k modernizaci školkařského provozu. Do školky byl zaveden elektrický proud a byly postaveny haly a provozní budova. Součástí provozní budovy je i klimatizovaný sklad, který slouží k dlouhodobému uskladnění semenáčků a sazenic. Pro krátkodobé uskladnění sazenic byla vybudována sněžná jáma. Současně s přestavbou školky byl vyhlouben nový rybník. Zároveň s modernizací školkařského provozu bylo obnoveno strojní vybavení. Pro pěstování semenáčků jsou využívány fóliovníky, v menší míře se začalo s novou technologií pěstování sazenic na vzduchovém polštáři, záhony se semenáčky jsou umístěny na stolech. Jedná se zejména o obalovanou sadbu buku.

Na jarní výsevy je používáno semeno z místních zdrojů. V oblasti LZ Boubín jsou vyhlášeny tři genové základny. Z toho jedna je pro SM, JD, BK, MD a KL a dvě jsou pro SM, JD a BK. Snahou lesní školky je vypěstovat sazenice pro všechny tři genové základny. Pro komerční účely se z hlediska dodržení legislativy ve školce pěstují sazenice z přírodní lesní oblasti 13 Šumava, převážně lesní vegetační stupeň 6, případně 7. Do nejvyšších partií lesního závodu je pěstován materiál z 8.vegetačního stupně.

Těžiště produkce LŠ Budkov spočívá v pěstování smrku ztepilého, který je v oblasti LZ původní dřevinou. Na okraji zájmu však nezůstávají ani ostatní dřeviny s důrazem na meliorační a zpevňující dřeviny, jako je buk lesní, jedle bělokorá, javor klen a v menší míře douglaska tisolistá a dub zimní, který má uplatnění v nejnižších polohách LZ Boubín.

S nástupem jemnějších způsobů hospodaření dochází k zmenšování holin pro umělou obnovu, snižuje se potřeba sadebního materiálu. Proto lesní závod nabízí volnou kapacitu pro smluvní pěstování sadebního materiálu. Toto tkví v pěstování sadebního materiálu pro vybrané lesní správy. Je používáno jednak semeno z roku 2003, se kterým se dle platné legislativy nesmí obchodovat, a jednak geneticky hodnotné semeno z genových základen, případně vysoce hodnotné semeno fenotypových tříd A. Lesní správy tak mají zaručeno, že se do jejich oblasti vrátí geneticky vysoce hodnotný sadební materiál z dané lokality.

Práce ve školce zajišťují převážně vlastní zaměstnanci. V období nárazové potřeby vyššího počtu zaměstnanců jsou zaměstnáváni OSVČ i firmy. Tato možnost je využívána zejména v jarním období, kdy je ve školce nejvíce práce s vyzvedáváním sazenic, setím, školkováním a dalšími souvisejícími pracemi.

K lesní školce náleží plantáže vánočních stromků. Průměrná roční produkce vánočních stromků se pohybuje kolem 5 000 kusů. Pěstuje se zejména jedle kavkazská,ale i borovice černá a smrk pichlavý. Na trhu má nejlepší uplatnění jedle kavkazská, je o ní největší zájem.

Každým rokem po ukončení jarní sezony je prováděn monitoring spokojenosti zákazníků. Zákazníci hodnotí služby dle různých hledisek, například úroveň výrobků (sazenic), dodržování kvalitativních a kvantitativních požadavků, množstevní plnění sjednaných objemů dodávaných výrobků, časové plnění a další hlediska. Průměrné známky dle jednotlivých hledisek se pohybují v rozmezí 1,0 – 1,6. Známkovací stupnice je 1 – 5.

Cílem lesní školky Budkov je udržet, případně zlepšovat standardní kvalitu sadebního materiálu i kvalitu poskytovaných služeb. Největším oceněním je zpětná vazba ve formě spokojenosti odběratelů a jejich opětovný návrat do LŠ Budkov.